Untuk sarana pembelajaran telah dibangun empat unit gedung pembelajaran dan satu unit gedung perkuliahan. Abu Bakar al-Shiddiq, Umar Ibnu Khaththab, Utsman Ibnu Affan dan Ali Ibnu Abi Thalib adalah nama-nama sahabat Rasul yang diabadikan pada setiap gedung pembelajaran.
Gedung untuk perkuliahan mahasiswa Institut Agama Islam Al-Zaytun Indonesia (IAI AL-AZIS) menggunakan nama Jenderal Besar H.M. Soeharto (HMS), Presiden Indonesia ke-2. Pak Harto meresmikan penggunaan Gedung HMS pada 23 Agustus 2005, dan pada 14 Desember 2012 dibuka oleh Menteri Agama RI, DR. H. Suryadharma Ali, M.Si.
Gedung-gedung pembelajaran dan perkuliahan yang dibangun sejak tahun 1996 ini, memiliki ketinggian empat sampai enam lantai dengan jumlah ruang kelas dari empat gedung sebanyak 300 lokal kelas. Kelas kelas yang memiliki luas 96 m2 yang juga dilengkapi dengan perpustakaan kelas dan jaringan komputer dapat menampung tiga puluh enam pelajar. Selain itu setiap gedung pembelajaran/perkuliahan dilengkapi dengan sarana-sarana pendukung untuk proses pembelajaran seperti ruang guru/dosen, laboratorium-laboratorium, perpustakaan dan lain-lainnya.
